Po raz pierwszy wieś Baruchowo wzmiankowania jest w 1388 r. jako przynależąca do parafii Kłótno. Wieś Baruchowo została spalona podczas przemarszu wojsk szwedzkich na początku wieku XVIII (stanowiła wówczas własność Anny Kretkowskiej).
Do XVII wieku osadnictwo na terenie obecnej gminy Baruchowo rozwijało się wolniej niż w innych regionach Kujaw. Powodem tego były słabe gleby, oddzielenie tych ziem od rzeki Wisły pasmem lasów, a także oddalenie od szlaków lądowych.
Dopiero w XVIII wieku nastąpił wzrost liczby osad. Wzmiankuje się również prywatne nazwy osad takich jak: Skrzynki, Okna Zakrzewek. W 1807 r. tereny obecnej gminy Baruchowo znalazły się w obrębie Księstwa Warszawskiego w departamencie bydgoskim. Po upadku Napoleona na mocy traktatu wiedeńskiego utworzono Królestwo Polskie. Tereny gminy znalazły się wówczas w zaborze rosyjskim. Z pozostałej w Królestwie Ziemi Kujawskiej utworzono powiat bydgosko-kujawski, w późniejszym okresie nazwany kujawskim, a od roku 1836 - włocławskim. Powiat włocławski składał się z trzech okręgów sądowych tzw. małych powiatów: brzeskiego, radziejowskiego i kowalskiego z wyodrębnionymi dwunastoma gminami, w tym z Baruchowem.
W 1976 r. wprowadzono nowy podział administracyjny, w wyniku którego cały teren gminy Baruchowo znalazł się w obrębie gminy Kowal.
W 1984 r. z gminy Kowal wyłączono wsie Baruchowo, Kłótno, Skrzynki i Goreń i utworzono nową gminę Baruchowo.
Od 1 stycznia 1999r. gmina Baruchowo znajduje się w obrębie woj. kujawsko - pomorskiego.
Ze względu na wartości naturalnego środowiska przyrodniczego i walory turystyczne znaczna część obszaru gminy w 1979 r. została włączona w obszar Gostynińsko - Włocławskiego Parku Krajobrazowego.